md5.txt ファイルには、ディレクトリ内のファイルの MD5 の値が格納されている。 ファイルシステムのイメージがシステムからインポートされたり、Autopsy がファイルを作成したりするたびに、MD5 の値が追加されていく。 このモードにより、MD5 の値が生成されていないファイルの MD5 の値を計算して、整合性の検証を行なうことが可能になる。
Host Manager ウインドウにおいて、 Image Integrity ボタンが選択された場合、 すべてのファイルと対応する既存の MD5 の値が表示される。 この画面で、任意のイメージの検証を行なったり、新しい MD5 の値の生成を行なったりすることができる。